Podjetje sta leta 1888 v Bostonu ustanovila brata Haynes, George in William. V mladosti sta bila draguljarska vajenca, zato sta imela bogato znanje o kovinah. To njima je odprlo možnosti za eksperimentiranje in nadgrajevanje flavt. Leta 1898 je George Haynes izumil postopek iztiskanja oz. vlečenja tonskih lukenj iz srebra (drawn toneholes). Leta 1916 je podjetje izdelalo svoj prvi cilindrični masivni srebrni pikolo, leta 1917 prvi as piccolo in leta 1926 prvi piccolo s stožčasto izvrtino. Leta 1920 je Haynes razvil model varjenih tonskih lukenj (soldered toneholes), ki je hitro postal nov standard v proizvodnji flavt po vsem svetu. Leta 1935 je podjetje Haynes izdelalo prvo ameriško platinasto flavto za vodilnega flavtista tistega časa Georgesa Barrèra.
Leta 2004 je podjetje kupilo podjetje Eastman Music Company, katerega lastnik je bil nekoč flavtist Ni Qian. Leta 2010 se je podjetje preselilo v nov, najsodobnejši obrat v Actonu v Massachusettsu. Flavte Haynes osvežujejo s sodobno tehnologijo, kot so mehanizem brez zatičev, raba posebnih kaljenih jekel, Straubingerjevih blazinic in računalniško podprtega inženirstva, hkrati pa ohranjajo svoje značilne lastnosti in s tem zvok, ki ga flavtisti še vedno obožujejo.