Podjetje sta leta 1888 v Bostonu ustanovila brata Haynes, George in William. V mladosti sta bila draguljarska vajenca, zato sta imela bogato znanje o kovinah. To njima je dalo priložnost za eksperimentiranje in nadgrajevanje flavt. Leta 1898 je George Haynes izumil postopek izstiskanja oz. Vlečenja tonskih lukenj iz srebra (drawn toneholes). Leta 1916 je podjetje izdelalo svoj prvi cilindrični masivni srebrni pikolo, leta 1917 prvi Ab piccolo in leta 1926 prvi piccolo s stožčasto izvrtino. Leta 1920 je Haynes razvil model varjenih tonskih lukenj (soldered toneholes), ki je hitro postal nov standard v proizvodnji flavt po vsem svetu. Leta 1935 je podjetje Haynes izdelalo prvo ameriško platinasto flavto za vodilnega flavtista tistega časa Georgesa Barrèra.
Leta 2004 je podjetje kupilo podjetje Eastman Music Company, katerega lastnik je nekoč flavtist Ni Qian. Leta 2010 se je podjetje preselilo v nov, najsodobnejši obrat v Actonu v Massachusettsu. S funkcijami, kot so Straubingerjeve blazinice, gladek mehanizem brez zatičev, posebna kaljena jekla in računalniško podprto inženirstvo, flavte Haynes osvežuje s sodobno tehnologijo, hkrati pa ohranja svoje starinske lastnosti in značilen zvok, ki ga flavtisti še vedno obožujejo.